در یادداشت اول سه مورد از نقد‌هایی که بر دستورالعمل دولت مطرح بود، مطرح شد. در این یادداشت به موارد دیگر اشاره می‌شود. 

۴ـ در بند ز دستورالعمل اجرایی تهیه شده در بیان امور حاکمیتی عبارت انتهایی بند می‌باید حذف شود آنجا که می‌گوید: «… حیطه مربوط شامل نظارت ارزیابی و کنترل باشد» چراکه به موجب ماده ۸ قانون مدیریت خدمات کشوری صرفاً یک بند آن هم در بند الف به موضوع نظارت در بخش‌های اقتصادی و اجتماعی و فرهنگی و سیاسی اشاره شده است و ۱۰ بند دیگر در عین حال که امور حاکمیتی‌اند اما از جنس نظارت و ارزیابی و کنترل نمی‌باشند.

مانند: امور ثبتی، ارتقای بهداشت و آموزش عمومی، حفظ تمامیت ارضی، اداره امور داخلی و مالیه عمومی. لذا آوردن این قید موضوع حاکمیتی بودن را مخدوش و از حیز انتفاع خارج نموده و صرفاً آن را تبدیل به موضوع نظارت خواهد نمود که به هیچ وجه موافق قانون مصوب مجلس شورای اسلامی نبوده و بلکه مغایر منویات قانونگذار در توجه به امور حاکمیتی خواهد بود. 

۵- انتهای ماده ۶ دستورالعمل مبنی بر اینکه «کارگروه می‌تواند در صورت دریافت گزارش نمایه مثبته حداکثر به میزان ۲۰۰۰ امتیاز برای پرداخت به مدت یک سال با رعایت سقف ۲۵ هزار امتیاز اقدام نماید» اولاً مغایر اصل قانون مصوب مجلس است، چراکه قانونگذار برای تحقق عدالت در پرداخت‌های حقوق و دستمزد کارکنان دولت این مقررات را گذرانده است نه اینکه فوق‌العاده خاص را اهرمی برای انجام تکالیف دستگاه نماید و بر اساس عملکرد دستگاه امتیاز مذکور را در نظر بگیرد و اموری مانند مولدسازی، استقرار کارکنان در مجتمع‌های اداری، تعیین تکلیف طرح‌های تملک دارایی‌های نیمه‌تمام چه ارتباطی به مصوبه مجلس دارد؟ 

اموری که قریب به ۴۰ سال است در کشور محقق نشده است به هر دلیلی آیا با پیوند زدن آن به دستورالعمل فوق‌العاده خاص محقق خواهد شد؟

بدیهی است که پاسخ منفی است؛ چراکه تحقق هر یک از این امور نیازمند فراهم شدن مقدمات دیگری است که اگر آن مقدمات قرار بود فراهم شود تاکنون فراهم شده بود.

وقتی بودجه عمرانی کشور تکافوی تکمیل ۱۰ درصد از طرح‌های عمرانی را هم نمی‌دهد دستگاه اجرایی چگونه باید طرح‌های تملک دارایی‌های نیمه‌تمام را تمام نماید؟ و بعد از دستورالعمل فوق‌العاده خاص برخوردار شود. این عملاً یعنی از بین بردن قانون و به حاشیه راندن مصوبه مجلس شورای اسلامی و این گونه شاخ و برگ دادن به موضوع اصل آن را تخریب خواهد کرد. 

 ثانیاً دستورالعمل تهیه شده در توزیع امتیازات مطابق جدول مندرج در آن کل ۲۵ هزار امتیاز را در سه شاخص مندرج در جدول مربوط توزیع نموده است و دیگر امتیازی نمانده که ۲۰۰۰ امتیاز را به این امر اختصاص دهد، لذا از این حیث این بند با خود دستورالعمل مغایر است. 

۶- اطلاق تبصره ۵ ماده ۳ دستورالعمل هم خلاف قانون برنامه هفتم و قوانین برنامه گذشته است؛ چراکه مجلس محترم شورای اسلامی باعلم و آگاهی به اینکه برخی دستگاه‌ها قبلاً تحت عناوینی همچون فوق‌العاده خاص، نگهداشت، ترمیم حقوق، مبالغی را براساس قوانین مصوب مجلس دریافت کرده‌اند، مصوبه خود را اصلاح و این دستگاه‌ها را به دایره شمول قانون مصوب برنامه هفتم اضافه نموده است.

لذا دستورالعمل فوق‌العاده خاص نمی‌تواند قانون سابق را که دستگاه‌های دولتی بر اساس آن‌ها مبالغی را دریافت نموده‌اند لغو و یا قانون فعلی را بدون اینکه در خود قانون اشاره‌ای شده باشد جایگزین قانون قبلی نماید. 

۷- ماده ۷ دستورالعمل هم با نص صریح قانون مغایر است؛ چراکه قانون برنامه ۵ ساله است و این زمان را نمی‌توان کم یا زیاد کرد ولی دستورالعمل به موجب این ماده اجرای فوق‌العاده خاص را دوساله نموده و ادامه آن را به تحقق شرایط دیگری موکول کرده که اگر آن شرایط محقق شد برای سال‌های بعد تمدید گردد و اگر عدم تحقق شرایط مورد نظر به وقوع پیوست بدیهی است که امکان تمدید فوق‌العاده خاص بیش از دو سال میسر نخواهد شد و لذا این این قسمت از دستورالعمل هم مغایر اصل قانون برنامه هفتم می‌باشد. 

 به نظر می‌رسد سازمان محترم امور اداری و استخدامی موضوع ساده‌ای همچون فوق‌العاده خاص را تبدیل به امر پیچیده‌ای نموده‌ و امری را که می‌توانست به سادگی و سهولت در قالب یک دستورالعمل ساده و روان و خارج از ایهام و ابهام برای کارکنان دولت بستر برخورداری از یک امکان جدید باشد، تبدیل به موضوع سخت، پیچیده و دشواری نموده‌ که در مقام اجرا چالش‌های زیادی پیش روی این سازمان و دستگاه‌های نظارتی و قضایی خواهد گذاشت و این در عمل راه به جایی نخواهد برد.